在处理完根部和团藏的事情之后，水门就开始着手处理宇智波一族的事。
虽然一直极力压制宇智波一族的团藏死了，但这不意味着火影一系对宇智波的政策有质的变化。
三代和水门都愿意和宇智波一族进行更多的交流，以消除隔阂，但火影一系和宇智波一族根源上的矛盾一直存在。
那就是沿自初代、二代火影的平民化政策，和宇智波一族始终想牢牢占据核心的问题。
建立木叶的两大“原始股东”，千手一族在初代、二代的命令下主动融入了村子，而宇智波一族在保持独立性的同时，一直认为应当享受“最大股东”的权利，牢牢占据木叶决策层的核心，甚至成为火影。
这就是宇智波一族和木叶决策层核心的矛盾冲突。
火影一系一直限制宇智波一族的原因，也并非贪恋权柄，而是要将平民化政策一直保持实施贯彻下去。
而一旦放开对宇智波的限制，让宇智波进入决策层，则一贯实施的平民化政策必将被打破。